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據(jù)臺(tái)灣媒體報(bào)道，宇昌案解密，綠營全面反擊，臺(tái)媒從兩份極機(jī)密文件及一份英文文件，整理出“宇昌六疑點(diǎn)”，并對(duì)照綠營回應(yīng)，以“六問六答”方式呈現(xiàn)，協(xié)助讀者快速了解宇昌案。
宇昌疑點(diǎn)1：蔡英文事前知否？
藍(lán)營昨天火力集中的焦點(diǎn)，是蔡英文到底在宇昌案扮演何種角色？“立委”林益世指出，綠營指蔡英文事前未涉入、且不能料到卸下“行政院副院長”時(shí)間點(diǎn)，但第二份極機(jī)密文件卻直指蔡英文至少在2007年3月22日，即已知悉TaiMed（臺(tái)懋蛋白、宇昌生技前身）。
“經(jīng)建會(huì)主委”劉憶如也指稱，同年三月31日推動(dòng)TaiMed成立說明會(huì)資料中，蔡英文以“行政院副院長”身份列名主要負(fù)責(zé)人；隨后，同年7月官方文書即見“臺(tái)懋”。
劉憶如說，同年8月31日蔡英文兩封要求“國發(fā)基金”撥款信函，先要求撥款臺(tái)懋、后要求撥至改名后的宇昌，藍(lán)營認(rèn)為，相關(guān)文件指陳歷歷，蔡英文有必要說明她與TaiMed、臺(tái)懋、宇昌的關(guān)系。
對(duì)于國民黨指控募資說明會(huì)的文件寫明生技公司將由蔡英文主導(dǎo)運(yùn)作，何美玥表示，“完全沒有，我以我的人格做保證！”2007年3月30日，她邀請(qǐng)企業(yè)界進(jìn)行說明會(huì)，3月31日公開募資說明會(huì)，除了請(qǐng)專業(yè)人士進(jìn)行說明之外，并發(fā)給投資意愿調(diào)查表，當(dāng)時(shí)的說明會(huì)文件，內(nèi)容沒有提到蔡英文和蔡家的事，“請(qǐng)指控者把文件拿出來”。
民進(jìn)黨委任律師連元龍反問，投資說明會(huì)時(shí)，蔡英文的家人有向當(dāng)局表達(dá)要投資嗎？當(dāng)局都有相關(guān)資料，請(qǐng)一并公布；國民黨執(zhí)政時(shí)也有投資宇昌，“國發(fā)基金”也有評(píng)估報(bào)告，請(qǐng)把民進(jìn)黨和國民黨執(zhí)政時(shí)的相關(guān)報(bào)告對(duì)外一并公布，不要切割凌遲蔡英文。
但林益世深夜出示臺(tái)懋于2007年3月31日在臺(tái)北市舉行的投資說明會(huì)資料顯示，蔡英文確實(shí)與“中研院長”翁啟惠、洛克斐勒大學(xué)教授何大一和中研院院士陳良博，并列公司“主要負(fù)責(zé)人”。
資料顯示，蔡英文的名字出現(xiàn)在簡報(bào)第二頁及第六頁，職稱是“行政院副院長”（二○○六至2007）和政大教授，在四人順位中排名第二，次于翁啟惠。
宇昌疑點(diǎn)2：第二份機(jī)密公文為何只呈蔡？
藍(lán)營質(zhì)疑，為何2007年2月9日何美玥舍主管“國發(fā)基金”的“經(jīng)建會(huì)主委”、而以“政務(wù)委員”身份上了第一份極機(jī)密公文給正副“院長”蘇貞昌、蔡英文？當(dāng)時(shí)文末注明的是“敬呈‘副院長’、‘院長’，職何美玥謹(jǐn)簽”。3月21日的第二份公文仍以極機(jī)密上簽，卻只是在文末“敬呈副院長”，而沒有呈“院長”批閱？
何美玥表示，第一份簽呈攸關(guān)計(jì)劃決行問題，因此必須要“院長”授權(quán)、核定；第二份簽呈只是將談判過程告知“行政院”，并無決定問題，因此只要呈報(bào)至“副院長”即可。
陳其邁說，“行政院”在通過決定前，會(huì)將公文敬致“院長”、“副院長”，進(jìn)行核示，因此第一份公文會(huì)有兩人簽名，從公文最后標(biāo)明“擬同意由翁院長代表進(jìn)行協(xié)商事宜，敬請(qǐng)核示”，便能得知這是需經(jīng)過“院長”同意才能行使授權(quán)的公文。
他指出，第一份文件主旨標(biāo)明“請(qǐng)鑒核”，代表這是請(qǐng)求核示準(zhǔn)或不準(zhǔn)的公文，但第二份公文主旨為“請(qǐng)鑒查”，代表這只是告知談判過程的進(jìn)度報(bào)告，沒有核示問題，所以無需上呈至“院長”，這是一般的公文流程。
宇昌疑點(diǎn)3：為何極機(jī)密要專簽？
對(duì)于宇昌案為何要以“極機(jī)密”兩度上簽？藍(lán)營高度質(zhì)疑是少數(shù)人刻意繞過“國發(fā)基金”的正常審議程序，及跳過正常公文的簽核程序、規(guī)避監(jiān)督。“立委”林滄敏昨天表示，從極機(jī)密公文內(nèi)容來看，根本就沒有機(jī)密，全案就像鉭震案、華揚(yáng)史威靈案一般，“會(huì)發(fā)生，都是有人一手包天”。
陳其邁說，宇昌在當(dāng)時(shí)協(xié)商時(shí)完全保密，這是屬于“工作保密”，非“機(jī)密保護(hù)法”，熟悉行政工作都知道，工作后即可解密；國民黨是政治操作，對(duì)外混淆視聽，“行政院”本來就可解密，無不可告人之處，執(zhí)政黨故弄玄虛，丟出公文流程問題，進(jìn)行選舉操作。
“行政院前法規(guī)會(huì)主委”陳美伶說，生技領(lǐng)域是劃歸“經(jīng)濟(jì)部”管轄，與“行政院副院長”職權(quán)無關(guān)，就算列為極機(jī)密，就宇昌案而言，不是機(jī)密只是一般公務(wù)機(jī)密，系指公務(wù)員承辦業(yè)務(wù)，當(dāng)政策未確定前或者案子只給某些首長看時(shí)會(huì)列為密等，等到事情確定，只要經(jīng)過程序核定后就可以公開，根本沒有所謂依據(jù)“機(jī)密保護(hù)法”解密或注銷的問題。
對(duì)于“極機(jī)密”公文是否可不適用“機(jī)密保護(hù)法”？“法務(wù)部廉政署署長”周志榮說“不可能”，自2003年制訂起，核列為“極機(jī)密”的公文就由該法規(guī)范，沒有例外。
他說，盡管“行政院”的“文書處理手冊(cè)”，將公文份為“一般機(jī)密”和“機(jī)密”，但即使是“一般機(jī)密”，只要是列為“極機(jī)密”，就必須回歸“機(jī)密保護(hù)法”的適用。
宇昌疑點(diǎn)4：公文為何不見“國發(fā)基金”角色？
關(guān)于“國發(fā)基金”投資宇昌案，國民黨“立委”認(rèn)為程序上的疑點(diǎn)太多。首先，2008年2月9日何美玥第一次上專簽之前，從來就沒有聽聞?dòng)蓄愃茖０赣?jì)劃送審，“立委”吳清池質(zhì)疑之前就已有些作為，只是“看不到”。
藍(lán)營“立委”另質(zhì)疑，何美玥兩份極機(jī)密公文，都不是以主管“國發(fā)基金”的“經(jīng)建會(huì)主委”名義，或是“國發(fā)基金”召集人呈簽，完全不見“國發(fā)基金”的角色。
此外，“立委”林益世也質(zhì)疑，從呈簽機(jī)密文件到核可、投資款項(xiàng)撥下來后，也理當(dāng)有“經(jīng)建會(huì)”或“國發(fā)基金”委員會(huì)的專業(yè)審核意見，因此要求“經(jīng)建會(huì)”提供資料。
何美玥說，2007年4月17日已向“國發(fā)基金”管理委員會(huì)提出報(bào)告，獲得同意備查，這個(gè)案子已經(jīng)過當(dāng)時(shí)的“行政院長”蘇貞昌在同年2月15日核定，程序上仍要讓“國發(fā)基金”管理委員會(huì)了解。
民進(jìn)黨委任律師連元龍反問，請(qǐng)當(dāng)局部門公布，這起投資案有無在2007年4月17日前向“國發(fā)基金”管理委員會(huì)報(bào)告？有無決議資料？他呼吁，當(dāng)局應(yīng)一并公布當(dāng)時(shí)的資料，“不要不公布資料，又說人家行政程序有瑕疵”。
“經(jīng)建會(huì)前主委”胡勝正說，“政務(wù)委員”層級(jí)高于“經(jīng)建會(huì)主委”，當(dāng)然用“政務(wù)委員”身份上簽“比較好”。胡勝正回憶，他在2007年1月31日接任“金管會(huì)主委”，何美玥并沒有立即接任遺缺，中間還由當(dāng)時(shí)的“經(jīng)建會(huì)副主委”張景森暫代了兩、三周的“主委”；后來何美玥出任“經(jīng)建會(huì)主委”，也不必然要馬上接任“國發(fā)基金”召集人，因?yàn)椤皣l(fā)基金”不是天天有公文，所以可能會(huì)出現(xiàn)空窗期。
宇昌疑點(diǎn)5：談判條件不合 為何還要出資？
藍(lán)營“立委”指出，第一份極機(jī)密公文里有須在臺(tái)灣大量生產(chǎn)等條件，但后來翁啟惠卻自承“不適合”，當(dāng)天何美玥即簽呈“行政院長”張俊雄核定可以不在臺(tái)灣量產(chǎn)；第二份極機(jī)密公文也指出，代表“行政院”談判的翁啟惠，于談判時(shí)并不順利，因此何美玥簽呈，指翁啟惠正與何大一等研商如何提出我方之對(duì)案。
藍(lán)營“立委”質(zhì)疑，既然當(dāng)初有些設(shè)定的投資條件并無法成就，或是因情勢變化而無法達(dá)成，為何卻仍一再投資？
陳其邁說，當(dāng)時(shí)的條件是指“臨床實(shí)驗(yàn)階段”并不會(huì)在臺(tái)灣生產(chǎn)，因?yàn)椴环辖?jīng)濟(jì)成本，等到完成臨床實(shí)驗(yàn)，就會(huì)考慮在臺(tái)灣設(shè)廠生產(chǎn)。
“臺(tái)懋蛋白科技”為何改名為“宇昌生技”？何美玥回應(yīng)：當(dāng)初有兩家公司，一為“臺(tái)懋生技創(chuàng)投”，另一家為“臺(tái)懋蛋白科技”。為避免混淆，才將“臺(tái)懋蛋白科技”改名為“宇昌生技”。
劉憶如說，2007年8月31日蔡英文兩度來函，要求“國發(fā)基金”撥款，第一封署名是“臺(tái)懋蛋白科技股份有限公司籌備處”，第二封改為“宇昌生技股份有限公司籌備處”，但申請(qǐng)撥款的銀行帳戶沒有改變。
宇昌疑點(diǎn)6：為何駁高育仁案？
前“立委”高育仁以同樣藥物申請(qǐng)了兩年，仍遭駁回。“立委”林益世即質(zhì)疑，機(jī)密公文顯示“蔡英文準(zhǔn)給蔡英文”，為什么卻不準(zhǔn)早已申請(qǐng)兩年的高育仁案？
“立委”洪秀柱詢問“經(jīng)建會(huì)主委”劉憶如，高育仁是否以同樣的藥、申請(qǐng)了兩年？兩案是否一模一樣？是否駁回高育仁同時(shí)另一家進(jìn)場？劉憶如均肯定答復(fù)，并指當(dāng)年是“國發(fā)基金”主動(dòng)，希望有人能夠?qū)⒋苏谘邪l(fā)的愛滋新藥產(chǎn)制引進(jìn)臺(tái)灣；高育仁約在2005、2006年參與，““國發(fā)基金”希望他成為主要投資者”，未料卻在2007年3月23日被駁回。
何美玥表示，高育仁當(dāng)時(shí)是希望當(dāng)局投資制造蛋白質(zhì)藥的工廠，要當(dāng)局投資約17億元新臺(tái)幣，這個(gè)案子在審議委員會(huì)就未通過，是不同的案子，“宇昌是研究開發(fā)新藥，高育仁是生產(chǎn)工廠的案子”。
民進(jìn)黨“立委”蔡煌瑯指出，與高育仁合作的Tanox公司在2007年8月將新藥讓售給Genentech公司，才有后來何大一與Genentech合作的宇昌案；他相信高育仁對(duì)此情況心知肚明，國民黨不要栽贓，進(jìn)行政治斗爭。
